¿Quién paga las incapacidades de un trabajador independiente? Esto dice Supersalud
Las incapacidades por enfermedad están previstas en la Ley 100 de 1993, y el Gobierno las reglamentó mediante decretos que hoy están compilados en el Decreto 780 de 2016. Conozca cómo se usan
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Cuando un médico expide una incapacidad, la incertidumbre por la salud en muchas ocasiones se transforma en una urgencia económica: ¿quién cubre los días en los que no se puede trabajar? La respuesta no cuenta con una única fórmula, ya que el bolsillo que responde varía dependiendiendo si usted es un empleado dependiente o un trabajador independiente, una diferencia que millones de colombianos aún desconocen y que, para quienes trabajan por su cuenta, suele convertirse en un dolor de cabeza.
Según el Registro Estadístico de Relaciones Laborales del DANE, en enero de 2026 se registraron cerca de 10,4 millones de relaciones laborales dependientes, frente a 2,6 millones de independientes aportando a la seguridad social.
Bajo este panorama, enfermarse no solo implica detener sus actividades y dejar de producir, sino también enfrentarse a un rompecabezas de trámites y requisitos. Esto se debe a que, en el régimen contributivo, la incapacidad no es un salario, sino un auxilio económico que reconoce el Sistema General de Seguridad Social bajo reglas muy específicas.
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¿Qué dice el Decreto 780 de 2016?
Las incapacidades por enfermedad están previstas en la Ley 100 de 1993, pero el Gobierno las reglamentó mediante decretos que hoy están compilados en el Decreto 780 de 2016, el decreto único reglamentario del sector salud. Esta norma establece tres puntos clave que todo cotizante debe conocer a la hora de resultar incapacitado:
- Requisito: haber aportado como mínimo cuatro semanas. No se reconoce si la incapacidad viene de un tratamiento estético o de algo excluido del plan de beneficios. (Art. 2.1.13.4)
- Reparto del pago: los dos primeros días de incapacidad por enfermedad general están a cargo del empleador y, desde el tercero, de la EPS. (Art. 3.2.1.10)
- Cómo se paga: la EPS paga directamente a quien aporta, en máximo cinco días hábiles desde que autoriza la prestación, y antes debe verificar que haya cotizado. La revisión de la solicitud puede tomar hasta 15 días hábiles. (Art. 2.2.3.1.1)
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¿Quién le paga las incapacidades al trabajador independiente?
Según la Superintendencia de Salud, las incapacidades al trabajador independiente las debe pagar la EPS a la que está afiliado, a partir del tercer día de incapacidad. Los afiliados cotizantes reciben el reconocimiento de la EPS desde el tercer día. En cambio, los dos primeros días no los paga nadie: según un concepto del Ministerio de Salud de 2012, no se reconocen porque el independiente es su propio empleador.
La EPS paga hasta el día 180. Entre el 181 y el 540 el pago lo asume el fondo de pensiones, y desde el 541 vuelve a ser de la EPS.
Pero un punto muy importante a tener en cuenta, es que mientras dura la incapacidad, el independiente debe seguir aportando. Paga toda la cotización a pensiones y la parte de salud que le correspondería a un trabajador dependiente; el resto lo asume la EPS. Además, debe reportar la incapacidad en la planilla de aportes (PILA).
Supersalud menciona que, si la EPS se demora en este trámite, debe pagar intereses de mora. Y si no se paga, el afiliado debe informar a la Superintendencia Nacional de Salud.
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¿Cuál es la diferencia entre el pago de incapacidad de un trabajador dependiente y uno independiente?
- Trabajador dependiente (con empleador): el empleador paga los dos primeros días y luego la EPS. El empleador es quien hace el trámite ante la EPS, y no puede trasladárselo al trabajador. Si el empleador adelanta el pago, puede cobrarle ese valor a la EPS.
- Trabajador independiente (sin empleador): no hay quien adelante el dinero ni haga el trámite. La EPS le paga directamente a él, y es él quien debe solicitarlo.
Tenga presente que la Superintendencia Nacional de Salud (Supersalud) es la entidad encargada de vigilar que las Entidades Promotoras de Salud (EPS) cumplan con este derecho, el cual busca proteger el mínimo vital del ciudadano mientras recupera su salud.
Si su EPS no le paga o se demora, puede denunciar el caso en la línea gratuita nacional 01 8000 513 700.