Un fiscal que desconoció al Congreso
Eduardo Montealegre en varias ocasiones dijo que el legislativo no era el competente para exigirle cuentas.
En dos ocasiones se rehusó a asistir a importantes debates sobre el funcionamiento de la Fiscalía y la reforma al equilibrio de poderes.
En el Senado y la Cámara se le cuestionó su airada oposición a la reforma al estado, en la que se le imponía un nuevo juez y se le limitaban funciones de investigación, lo que generó un conflicto en medios de comunicación e incluso una pelea con el Gobierno dadas las acciones jurídicas y políticas que promovió para tumbar esa reforma.
Logró que en un comunicado el presidente la Corte Suprema respaldara sus preocupaciones y cuando fue requerido para que expresara sus conceptos en el Congreso nunca asistió.
De igual forma cuando estalló el escándalo de contratación en la Fiscalía por el caso Natalia Springuer y teniendo en cuenta que fue el congreso el que aprobó los nuevos recursos para la modernización de esa entidad, el Centro Democrático y otros partidos lo citaron para que explicará esos gastos millonarios, sin embargo desconociendo la facultad del Congreso para hacer debates de control político, decidió no asistir ni responder a los cuestionarios enviados.
Además en los temas referentes al proceso de paz siempre dijo que el Congreso no era escenario para discutir sobre la refrendación e implementación de los acuerdos de La Habana y recomendó al Gobierno saltarse esa instancia y tomar las decisiones de manera unilateral.